واتسون پس از کشف انقلابی خود، سال‌ها در مؤسسه‌ی کولد اسپرینگ هاربر در نیویورک به‌عنوان مدیر، رئیس و سپس رئیس عالی فعالیت کرد. در دوران مدیریت او، این مؤسسه به‌طور چشمگیری گسترش یافت و به یکی از مراکز پیشروی زیست‌شناسی مولکولی در جهان تبدیل شد. او همچنین هدایت دو سال نخست پروژه‌ی ژنوم انسان را برعهده داشت؛ اما در اعتراض به تلاش‌ها برای ثبت حق اختراع توالی‌های ژنی از سمت خود کناره‌گیری کرد.
با وجود تمام موفقیت‌ها، واتسون در سال ۲۰۰۷ در گفت‌وگو با نشریه نیوساینتیست، گفت بزرگ‌ترین دستاوردش نه کشف دی‌ان‌ای، بلکه کتاب‌هایی است که نوشته است. او گفت: «مارپیچ دوتایی را بالاخره هرکسی پیدا می‌کرد. من فقط کمی سرعتش را بیشتر کردم. اما فرانسیس کریک هرگز مارپیچ دوتایی را نمی‌نوشت، هیچ‌یک از دیگر دانشمندان هم نه.» او ابراز امیدواری کرده بود که نوشته‌هایش جوانان بیشتری را به سمت علم جذب کند.
بااین‌حال، دوران کاری واتسون خالی از حاشیه نبود. کشف ساختار دی‌ان‌ای به کمک تصاویر پرتو ایکس روزالیند فرانکلین ممکن شد؛ اما نقش او در مقاله‌ی سال ۱۹۵۳ که واتسون و کریک برایش نوبل گرفتند، نادیده گرفته شد و همین موضوع انتقادهای گسترده‌ای را از واتسون به دنبال داشت.
واتسون به‌طور کلی نسبت به سایر شاخه‌های زیست‌شناسی نگاهی تحقیرآمیز داشت و بارها به‌دلیل اظهارنظر درباره دیگر دانشمندان یا گروه‌های اجتماعی، مورد سرزنش یا حتی تنبیه حرفه‌ای قرار گرفت؛ تا آنکه در سال ۲۰۰۷ از سمت خود در کولد اسپرینگ هاربر بازنشسته شد.
با وجود تمام جنجال‌ها، دستاوردهای علمی واتسون جایگاه او را به‌عنوان یکی از اثرگذارترین دانشمندان قرن بیستم تثبیت کرده است. به‌هر‌حال، ثمره‌ی پژوهش‌های او بود که دریچه‌ای تازه به درک نحوه ذخیره اطلاعات وراثتی، ارتباط میان گونه‌ها در درخت حیات و شیوه‌های نوین درمان بیماری‌های ژنتیکی گشود.
source